按工艺要求维持洁净棚与周围空间的微小差压，可正压或负压。微差压可通过送风口，回风口或余压阀来控制。压差控制在净化空调系统中是一个很重要的环节。只有通过对净化区域的压差进行控制，保证合理的气流组织，才能完成净化和工艺的要求。
　　例如洁净棚要保持正压使外界未经净化的空气不会进人净化区域，了解洁净级别；并且通过对各净化区域的不同的压差控制，实现净化分区的作用，在GMP中就要求不同净化级别区域的压差应控制不小于+5Pa。在生物安全洁净室中，压差控制也是保障安全防护屏障的一种方法，要求使实验室的负压梯度有一个稳定可靠的控制。因此对于净化空调系统来说，压差控制是很重要的。
　　洁净棚内压力保持高于外部压力，则为正压洁净室：反之称为负压洁净室。正压与负压是相对而言的，一个洁净室对大气而言是正压洁净室，但对另外一个房间而言可能是负压洁净室。规定不同等级的洁净室以及洁净区与非洁净区之间的压差不小于5Pa，洁净区与室外的压差不小于 10Pa。棚内走廊与非洁净区至少维持30Pa正压压差。这种压差建立的基本原理是送风量大于回风量、排风量、渗漏风量来实现的。